Im Jahr 1908 eröffnete Friedrich Herrmann, Prediger der Evangelischen Stadtmission, eine christliche Buchhandlung in Gießen, die sich 1909 dem internationalen Gemeinde- und Missionswerk Pilgermission St. Chrischona (Sitz: Basel) anschloss und den Namen Buchhandlung der Pilgermission erhielt. Schon vorher hatte der Stadtmissionar Herrmann eine theologische Reisebuchhandlung betrieben. Ein Jahr nach Ende des Ersten Weltkrieges zog das Unternehmen, das mittlerweile unter der Leitung des Buchhändlers Karl Peters stand, in die Gießener Plockstraße um. Peters begegnete der großen Nachfrage nach christlicher Literatur, indem er zum 1. September 1919 den Brunnen Verlag als 1 ½-Mann-Betrieb gründete und ihn in Personalunion mit der Buchhandlung leitete. Mit der in den 1920er Jahren erstmals aufgelegten Reihe „Zeugen des lebendigen Gottes“ erschienen rund einhundert lieferbare Titel. Noch 1919 wurden Buchhandlung und Verlag in eine GmbH umgewandelt. 1943 verbot die nationalsozialistische Regierung die Verlagsarbeit. Die Buchhandlung konnte ihre Arbeit bis 1944 fortsetzen. In diesem Jahr wurde das Gebäude an der Plockstraße bei einem Bombenangriff zerstört. 1948 erhielten Buchhandlung und Verlag seitens der Militärregierung die Erlaubnis, ihre Literaturarbeit fortzusetzen. Drei Jahre später waren die Räumlichkeiten an der Plockstraße wiederhergestellt und dienten, nachdem der Brunnen Verlag 1952 in die Gießener Innenstadt verzogen war, ausschließlich der Buchhandlung als Geschäftsgebäude. Ab 1972 übernahm die Buchhandlung der Pilgermission andere christliche Literaturvertriebe und begann mit dem Aufbau eines Filialsystems. Diese Geschäftserweiterung erforderte größere Räumlichkeiten. 1981 erfolgte deshalb der Umzug der Verwaltung und des Lagers in ein neues Gebäude, das sich im Gießener Gewerbegebiet an der Gottlieb-Daimler-Straße befand und mit dem Brunnen Verlag gemeinsam genutzt wurde. 1991 erhielten alle Filialen den Namen Alpha Buchhandlung.[3] Seit 1995 arbeitet die Alpha Buchhandlung mit einem Franchisesystem. Die erste Partnerbuchhandlung dieses Systems wurde in Mannheim eröffnet.[4] 2002 wurde in Staufenberg ein neues Logistikzentrum eröffnet. Damit in Verbindung stand auch die die Gründung des Logistikunternehmens ChrisMedia, das als weitere GmbH im Alpha-Unternehmensverband die Verantwortung für die Logistik des Zentrallagers sowie die Verlagsauslieferung für den Brunnen Verlag und weitere christliche Verlage übernommen hat. 2006 ging der Geschäftsführer Herbert Nolte in den Ruhestand und gab damit nach über 30 Jahren die Unternehmensleitung an Frank Spatz ab.[5] 2010 erfolgte sowohl der Umzug in die Schulstraße als auch ein Gesellschafterwechsel. Das deutsche Chrischona-Gemeinschaftswerk mit Sitz in Gießen (bisher 10%iger Mitgesellschafter) übernahm alle Gesellschafteranteile an der Chrischona Beteiligungsgesellschaft mbH (CBG) von der Schweizer Pilgermission St. Chrischona. Unter dem Dach der CBG sind jetzt die Alpha Buchhandlung, der Brunnen Verlag Gießen, ChrisMedia und die Chrischona-Service-Gesellschaft vereint. Die Buchhandlung hat 95 Alpha-Mitarbeiter (zuzüglich Franchise-Partner; Stand 2008). Etwa 100 Menschen wurden im Laufe der Zeit in einer Alpha Buchhandlung zum Buchhändler ausgebildet. Ein sechsköpfiges Leitungsteam ist für die Planungen und Entscheidungen im Tagesgeschäft verantwortlich; ein erweitertes Strategieteam übernimmt die strategische Planung und Zielfestlegungen.[6] Zum 1. Januar 2015 hat die Chrischona-Beteiligungsgesellschaft je 25 Prozent ihrer Anteile an den Brunnen Verlag (Gießen), den Verlag der Francke-Buchhandlung in Marburg und den Kawohl Verlag in Wesel abgegeben,[7] die Alpha im Juni 2017 schließlich komplett übernahmen.[8] 2016 erfolgte der Umzug in die Katharinengasse und 2021 als neues „Buch- und Medienzentrum“ in das Verlagsgebäude des Brunnen Verlages im Industriegebiet West.[9]